廚余垃圾資源化利用過程中可能產生大量的廢水、臭氣和廢渣，三廢問題是廚余垃圾資源化利用，尤其濕式厭氧發酵轉換將遇到的重大問題，必須妥善治理。

濕垃圾處理的主動方法是減少三廢產量。應明確三廢減量約束，要求廚余垃圾資源化利用過程中對外排放的廢渣與廢水之和不得大于廚余垃圾處理量（措施是加大廢水回流和中水回用）；此外，還應明確廢物更易處理約束，即廚余垃圾資源化利用過程產生的三廢的處理應比廚余垃圾更容易處理。否則，至少從廢物處理角度衡量，廚余垃圾資源化利用便是不可取的。

有些厭氧發酵制沼工藝排放的固廢與廢水之和是進廠廚余垃圾量的1.1倍以上，意味著，通過處理工藝后，廢棄物量不僅沒減小，反而增大了，如果再加上廢氣，廢棄物量增大更是了不得。這說明，這種處理工藝是以消耗更多資源為代價，有害而無益。
 
被動方法是加強三廢處理。如對濕式發酵，沼液產量大，沼液產量可高達0.85倍以上廚余垃圾處理量，最好自配沼液處理設施，并加大中水回用以減少外加水量，且應大力開發應用回流和流體攪拌技術及裝備以減少沼液處理量和處理難度。濕式發酵轉換的沼渣產量也較大，應妥善處置。廚余垃圾接收、預處理和沼液、沼渣處理等工序工段的臭氣控制也非常重要，應強化相關設備設施的密封和加大相關車間的換氣次數。
來源：無知一熊
  消滅型餐廚垃圾處理設備，采用微生物降解技術，垃圾降解率高達99.37%，幾乎無殘渣。那么你擔心的問題來了，這廢水排放達標么？

微生物菌在設備箱體中工作過程中代謝出少量的水，每降解一噸垃圾排出200升左右的水，遠遠小于廚余垃圾的處理量；廢水經檢測達《污水排入城市下水道水質標準》（CJ343），可直接納管排放或灌溉綠植，達到了可循環使用的目標；如有客戶有更高廢水排放標準要求，可加裝水處理系統。