廚余垃圾處理過程中可能產生大量的廢水、臭氣和廢渣，不管是采取消滅型處理，厭氧堆肥還是資源化能源利用，三廢問題是廚余垃圾處理將遇到的重大問題，必須妥善治理。

主動方法是減少三廢產量。應明確三廢減量約束，要求廚余垃圾處理過程中對外排放的廢渣與廢水之和不得大于廚余垃圾處理量（措施是加大廢水回流和中水回用）；此外，還應明確廢物更易處理約束，即廚余垃圾處理過程產生的三廢的處理應比廚余垃圾更容易處理。否則，至少從廢物處理角度衡量，廚余垃圾資源化利用便是不可取的。

有些厭氧發酵制沼工藝排放的固廢與廢水之和是進廠廚余垃圾量的1.1倍以上，意味著，通過處理工藝后，廢棄物量不僅沒減小，反而增大了，如果再加上廢氣，廢棄物量增大更是了不得。這說明，這種處理工藝是以消耗更多資源為代價，有害而無益。

被動方法是加強三廢處理。如對濕式發酵，沼液產量大，沼液產量可高達0.85倍以上廚余垃圾處理量，最好自配沼液處理設施，并加大中水回用以減少外加水量，且應大力開發應用回流和流體攪拌技術及裝備以減少沼液處理量和處理難度。濕式發酵轉換的沼渣產量也較大，應妥善處置。廚余垃圾接收、預處理和沼液、沼渣處理等工序工段的臭氣控制也非常重要，應強化相關設備設施的密封和加大相關車間的換氣次數。


廚余垃圾處理是一項說簡單又不簡單的過程，對于三廢的問題也要加大重視力度。其實采用微生物降解技術處理廚余垃圾是再合適不過了。廚余垃圾生物處理機依托于常溫好氧降解，將有機質垃圾降解為無危害的水，少量二氧化碳和熱能，這些廢水不會對環境造成污染，可隨下水管道直接排除，減量率達99.37%；并且配置有專門的除臭系統，不產生臭氣；廢渣量非常少，符合三廢易處理原則。